সরলরৈখিক সংগঠন সহজ ও সরল প্রকৃতির সংগঠন হওয়ায় সাধারণ মানের প্রাতিষ্ঠানে এরূপ সংগঠন ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হলেও প্রতিষ্ঠানের কাজ যতই বিস্তৃত হতে থাকে ততই এ সংগঠনের সমস্যাগুলো সামনে, এসে ধরা দেয় । নিম্নে এর অসুবিধাসমূহ তুলে ধরা হলো :

১. বিশেষায়ণের অভাব (Lack of specialisation) : এরূপ সংগঠন কাঠামোতে একজন নির্বাহীকে তার গণ্ডিতে সকল ধরনের কার্য সম্পাদন করতে হয় । যা সকল অবস্থায় দক্ষতার সাথে সম্পাদন করা একজন নির্বাহীর পক্ষে সম্ভব হয় না । ফলে কোনো কার্যে বিশেষজ্ঞতা বা বিশেষায়ণের রীতিও কার্যকর করা যায় না।

২. স্বৈরতন্ত্রের প্রতি ঝোঁক (Tendency towards autocracy) : এক্ষেত্রে প্রত্যেক নির্বাহী নিজস্ব গণ্ডিতে সর্বময় কর্তৃত্বের অধিকারী ও অধস্তনদের দণ্ডমুণ্ডের কর্তা বিবেচিত হয়। যে কারণে স্বৈরতন্ত্রের প্রতি একটি স্বাভাবিক ঝোঁক প্রবণতা এরূপ সংগঠন কাঠামোতে লক্ষ করা যায় । ফলে একদল মোসাহেব বা তোষামোদকারীর সৃষ্টি হওয়া এক্ষেত্রে খুবই স্বাভাবিক ।

৩. নির্বাহীদের কার্যভার বৃদ্ধি (Increase in workload of executives) : এক্ষেত্রে প্রতিষ্ঠানে নিয়োজিত স্বল্পসংখ্যক নির্বাহীকে তার গণ্ডিতে কোনো সহযোগীর সহযোগিতা ছাড়াই সকল কাজ সম্পাদন ও তার জন্য ঊর্ধ্বতনের নিকট দায়ী থাকতে হয়। ফলে নির্বাহীগণ সব সময়ই অতিরিক্ত কাজের চাপের মধ্যে থাকে এবং যা ফলপ্রদ কাজে বাধার সৃষ্টি করে ।

৪. নির্বাহীর অনুপস্থিতিতে ক্ষতি (Loss due to the absence of executive) : এরূপ সংগঠন কাঠামোতে বিভাগীয় নির্বাহীকে সহযোগিতা করার বা তার অনুপস্থিতিতে কার্য সম্পাদনের মতো কোনো উপদেষ্টা কৰ্মী না থাকায় কোনো কারণে তার অনুপস্থিতি ঐ বিভাগ বা প্রতিষ্ঠানের কাজকে বিশেষভাবে ক্ষতিগ্রস্ত করে ।

৫. সমন্বয়ে সমস্যা (Problems in co-ordination) : প্রত্যেকটি বিভাগ স্বয়ংসম্পূর্ণ থাকে বিধায় এরূপ সংগঠনে একমাত্র সাধারণ বা মহাব্যবস্থাপকের মাধ্যমে কার্যে সমন্বয় বিধান করতে হয়। যা অনেক ক্ষেত্রে সময়সাপেক্ষ ও জটিল হয়ে দাঁড়ায় । এ ছাড়াও সকল বিভাগ স্বাধীন হওয়ায় পারস্পরিক সম্পর্ক ও সমঝোতা সৃষ্টি হয় না ।

৬. জটিল ও বৃহদায়তন প্রতিষ্ঠানের অনুপযোগী (Unsuitable in case of complex and large scale enterprise): বর্তমান বৃহদায়তন উৎপাদনের যুগে প্রতিযোগিতায় টিকে থাকতে হলে বড় ধরনের প্রতিষ্ঠান গঠন ও পরিচালনার কোনো বিকল্প নেই । অথচ সরলরৈখিক সংগঠনের মাধ্যমে কখনই জটিল ও বড় ধরনের সংগঠন পরিচালনা করা সম্ভব নয় ।